PDB Chemical Component VNL

The following tables include covalent bond distance, bond angle and torsion angle values for the experimental model and ideal geometries stored in the definition for this chemical component.

Bond Distances for VNL

Atom I	Atom J	Distance (Experimental Model)	Distance (Ideal Model)
C1	CO1	1.365	1.399
C1	CO2	1.271	1.400
C1	CC	1.351	1.472
CO1	CM1	1.422	1.377
CO1	HO1	1.079	1.079
CO2	CM2	1.335	1.379
CO2	HO2	1.080	1.080
CM1	CZ	1.413	1.389
CM1	HM1	1.080	1.080
CM2	OM	1.314	1.360
CM2	CZ	1.392	1.395
OM	CV	1.426	1.428
CZ	O3	1.457	1.358
CC	O1	1.284	1.223
CC	O2	1.239	1.223
CV	HV1	1.100	1.090
CV	HV2	1.100	1.090
CV	HV3	1.100	1.090
O3	HO3	0.950	0.966

Bond Angles for VNL

Atom I	Atom J	Atom K	Angle (Experimental Model)	Angle (Ideal Model)
CO1	C1	CO2	123.4	119.8
CO1	C1	CC	119.9	120.1
C1	CO1	CM1	119.1	120.0
C1	CO1	HO1	120.4	119.9
CO2	C1	CC	116.6	120.1
C1	CO2	CM2	121.6	119.9
C1	CO2	HO2	119.2	120.1
C1	CC	O1	124.2	120.0
C1	CC	O2	110.4	120.0
CM1	CO1	HO1	120.4	120.0
CO1	CM1	CZ	116.0	120.1
CO1	CM1	HM1	122.0	119.9
CM2	CO2	HO2	119.2	120.0
CO2	CM2	OM	118.1	120.0
CO2	CM2	CZ	120.4	120.0
CZ	CM1	HM1	122.0	119.9
CM1	CZ	CM2	119.4	120.2
CM1	CZ	O3	113.8	119.9
OM	CM2	CZ	121.1	120.0
CM2	OM	CV	110.4	117.0
CM2	CZ	O3	126.8	119.9
OM	CV	HV1	109.5	109.4
OM	CV	HV2	109.5	109.5
OM	CV	HV3	109.5	109.5
CZ	O3	HO3	109.5	114.0
O1	CC	O2	125.2	120.0
HV1	CV	HV2	109.4	109.5
HV1	CV	HV3	109.5	109.5
HV2	CV	HV3	109.5	109.5

Torsion Angles for VNL

Atom I	Atom J	Atom K	Atom L	Angle (Experimental Model)	Angle (Ideal Model)
CO2	C1	CO1	CC	176.7	180.2
CO1	C1	CO2	CM2	359.8	0.0
CO1	C1	CO2	HO2	179.8	180.0
CO1	C1	CC	O1	357.6	0.0
CO1	C1	CC	O2	172.3	180.0
CM1	CO1	C1	HO1	180.0	180.0
C1	CO1	CM1	CZ	359.9	0.0
C1	CO1	CM1	HM1	179.9	180.0
CO1	C1	CO2	CC	183.2	179.8
CO2	C1	CO1	CM1	0.3	360.0
CO2	C1	CO1	HO1	180.3	179.9
CO2	C1	CC	O1	180.7	179.8
CO2	C1	CC	O2	355.4	359.8
CM2	CO2	C1	HO2	180.0	180.1
C1	CO2	CM2	OM	187.0	180.0
C1	CO2	CM2	CZ	359.9	360.0
CO1	C1	CC	CO2	176.9	180.2
CC	C1	CO1	CM1	183.6	179.7
CC	C1	CO1	HO1	3.6	359.7
CC	C1	CO2	CM2	176.5	180.3
CC	C1	CO2	HO2	356.5	0.2
O1	CC	C1	O2	185.2	180.0
CM1	CO1	C1	CO2	0.3	360.0
CM1	CO1	C1	CC	183.6	179.7
C1	CO1	CM1	HO1	180.0	180.0
CZ	CM1	CO1	HM1	180.0	180.0
CO1	CM1	CZ	CM2	359.8	360.0
CO1	CM1	CZ	O3	178.7	180.0
HO1	CO1	C1	CO2	180.3	179.9
HO1	CO1	C1	CC	3.6	359.7
C1	CO1	HO1	CM1	180.0	180.0
HO1	CO1	CM1	CZ	179.9	180.1
HO1	CO1	CM1	HM1	359.9	0.1
CM2	CO2	C1	CC	176.5	180.3
C1	CO2	CM2	HO2	180.0	179.9
CM1	CZ	CM2	CO2	0.3	0.0
OM	CM2	CO2	CZ	187.1	180.0
CO2	CM2	OM	CV	358.4	360.0
CO2	CM2	CZ	O3	181.6	180.0
HO2	CO2	C1	CC	356.5	0.2
C1	CO2	HO2	CM2	180.0	180.1
HO2	CO2	CM2	OM	7.0	0.1
HO2	CO2	CM2	CZ	179.9	180.0
CZ	CM1	CO1	HO1	179.9	180.1
CO1	CM1	CZ	HM1	180.0	180.0
CO2	CM2	CZ	CM1	0.3	0.0
OM	CM2	CZ	CM1	173.1	180.0
CM2	CZ	CM1	O3	181.1	180.0
CM1	CZ	O3	HO3	180.0	90.0
HM1	CM1	CO1	HO1	359.9	0.1
CO1	CM1	HM1	CZ	180.0	180.0
HM1	CM1	CZ	CM2	179.8	180.0
HM1	CM1	CZ	O3	358.7	0.0
OM	CM2	CO2	HO2	7.0	0.1
CO2	CM2	OM	CZ	172.9	180.0
CM1	CZ	CM2	OM	173.1	180.0
OM	CM2	CZ	O3	354.3	360.0
CM2	OM	CV	HV1	180.0	60.0
CM2	OM	CV	HV2	300.0	180.0
CM2	OM	CV	HV3	60.0	300.1
CZ	CM2	CO2	HO2	179.9	180.0
CO2	CM2	CZ	OM	187.3	180.0
CM2	CZ	CM1	HM1	179.8	180.0
CM1	CZ	CM2	O3	178.8	180.0
CZ	CM2	OM	CV	185.5	180.0
CM2	CZ	O3	HO3	358.8	270.0
CV	OM	CM2	CZ	185.5	180.0
HV1	CV	OM	HV2	240.0	240.0
HV1	CV	OM	HV3	120.0	120.0
HV2	CV	OM	HV3	240.0	239.9
O3	CZ	CM1	HM1	358.7	0.0
CM1	CZ	O3	CM2	181.2	180.0
C1	CC	O1	O2	174.0	180.0
C1	CC	O2	O1	185.3	180.0
OM	CV	HV1	HV2	120.0	120.0
OM	CV	HV1	HV3	240.0	240.0
HV2	CV	HV1	HV3	120.0	120.0
OM	CV	HV2	HV1	240.0	240.0
OM	CV	HV2	HV3	120.0	120.0
HV1	CV	HV2	HV3	240.0	240.0
OM	CV	HV3	HV1	120.0	119.9
OM	CV	HV3	HV2	240.0	239.9
HV1	CV	HV3	HV2	120.0	120.0